Á Fljótsdalshéraði eru starfræktir 4 heildstæðir grunnskólar, Egilsstaðaskóli, Hallormsstaðaskóli, Fellaskóli og Brúarásskóli.  Skólarnir eru um margt ólíkir og íbúar eiga frjálst val á skóla fyrir börn sín. Börn sem búa í skólahverfi hvers skóla hafa þó ávallt forgang í sinn heimaskóla. Rúmlega 340 nemendur stunda nám í Egilsstaðaskóla, sem er stærsti vinnustaður sveitarfélagsins.  Í Fellaskóla eru rúmlega 100 nemendur í 1. - 10. bekk, um 50 nemendur í Hallormsstaðaskóla og rúmlega 30 í Brúarásskóla. Egilsstaðaskóli og Fellaskóli eru í þéttbýliskjörnunum sitt hvorum megin við Lagarfljót, hinir skólarnir eru í byggðakjörnum á Hallormsstað og Brúarási. Allir skólarnir eru að fullu einsetnir, og eru starfræktir sem heimanaksturs- eða heimangönguskólar, þar sem allir nemendur fara heim að skóladegi loknum.

Starfsemi grunnskólanna heyrir undir fræðslunefnd.

Hjá sveitarfélaginu starfar fræðslufulltrúi sem sér um málefni grunnskólanna.  Skólaskrifstofa Austurlands annast sérfræðiþjónustu og ráðgjöf  við grunnskólana í sveitarfélaginu.

Héraðsforeldrar er nafn á svæðisráði foreldrafélaga í grunnskólum á Fljótsdalshéraði.
Hér má nálgast upplýsingar um foreldrafélagið. 

Brúarásskóli

Brúarásskóli var stofnsettur í núverandi húsnæði haustið 1979.  haustið 2008 voru leikskólinn í Brúarási og grunnskólinn sameinaðir undir eina stjórn og skólinn er skipulagður sem heildstæður skóli fyrir börn á leik- og grunnskólaaldri  á norðanverðu Fljótsdalshéraði. Brúarásskóli er fámennur dreifbýlisskóli en nemendur hans eru samtals tæplega 40 talsins. Samkennsla árganga er við skólann, en fjöldi námshópa ræðst af aðstæðum og samsetningu nemendahópsins á hverjum tíma. Skólinn er heimanakstursskóli og nemendur koma daglega í skólann með skólabílum.

Brúarásskóli, Brúarási
sími: 470-0625
Fax:470-0799
Netfang: Þetta tölvupóstfang er varið gegn ruslpósts þjörkum, Þú verður að hafa JavaScript virkt til að sjá það.
Veffang: fljotsdalsherad.is/bruarasskoli

Fellaskóli

Fellaskóli er heildstæður grunnskóli með 1.-10. bekk og hefur starfað frá árinu 1987. Hann hefur fyrst og fremst þjónað því svæði á Fljótsdalshéraði sem áður tilheyrði Fellahreppi og búa langflestir nemendanna í Fellabæ. Skólinn hefur verið einsetinn frá því árið 2001 þegar nýbygging við skólann var tekin í notkun.
Um 100 nemendur eru í Fellaskóla og samkennsla er að hluta til í flestum árgöngum. Alls starfa tæplega 20 manns við skólann að skólaliðum og bílstjórum meðtöldum.
Í Fellaskóla er reynt að stuðla að sjálfsaga nemenda bæði hvað snertir nám og hegðun. Ekkert punktakerfi er í skólanum en reynt að fylgjast vel með gengi hvers nemanda. 
Skólastjóri er Sverrir Gestsson
Aðstoðarskólastjóri er Harpa Rós Björgvinsdóttir

Fellaskóli
Einhleypingi 2, Fellabæ
sími: 470-0640
Fax: 471-2168
Netfang: Þetta tölvupóstfang er varið gegn ruslpósts þjörkum, Þú verður að hafa JavaScript virkt til að sjá það.
Veffang: fljotsdalsherad.is/fellaskoli

Egilsstaðaskóli

Egilsstaðaskóli er heildstæður grunnskóli sem fyrst og fremst þjónar nemendum sem búa á Egilsstöðum og í dreifbýlinu sem áður tilheyrði Eiða- og Hjaltastaðaþinghá. Alls eru nú í skólanum rúmlega 340 nemendur og skiptast allir árgangar í tvær bekkjardeildir. Allir nemendur hefja skóla á sama tíma eða kl. 9.00 árdegis. Aukinn nemendafjöldi og tvískipting allra árganga kallaði á aðgerðir í húsnæðismálum og haustið 2009 verður tekinn í notkun kennsluhúsnæðishluti nýrrar skólabyggingar. Framkvæmdum við nýbygginguna verður síðan haldið áfram og gert er ráð fyrir að í upphafi skólaárs 2010-2011 verði byggingarframkvæmdum lokið og einnig endurbótum á eldra húsnæði skólans.

Skólastjóri er Sigurlaug Jónasdóttir.
Aðstoðarskólastjóri er Ruth Magnúsdóttir.

Egilsstaðaskóli
Tjarnarlönd 11, Egilsstöðum
sími: 470-0605
Fax:470-0741
Netfang: Þetta tölvupóstfang er varið gegn ruslpósts þjörkum, Þú verður að hafa JavaScript virkt til að sjá það.
Veffang: fljotsdalsdalsherad.is/egilsstadaskoli

Hallormsstaðaskóli

Hallormsstaðaskóli er rekinn í samstarfi við Fljótsdalshrepp skv. sérstökum samstarfssamningi. Samkennsla árganga er mikil við skólann og þeir sem að skólanum standa eru sammála um að samkennsla árganga hafi fleiri kosti í för með sér en ókosti, enda er hún oftar en ekki skipulögð sem einstaklingskennsla, þar sem hverjum nemenda er kennt á hans forsendum.
Skólinn er einsetinn og við hann er rekið mötuneyti og auk þess er íþróttahús og sundlaug á staðnum. Sundkennsla fer fram í námsskeiðsformi haust og vor.  Mjög mikið og náið samstarf er við leikskólann Skógarsel sem starfræktur er í húsnæði Hallormsstaðaskóla.  Tónlistarskóladeild er starfrækt við skólann. Mikil þátttaka er í starfi tónlistardeildarinnar og yfirleitt stundar a.m.k. helmingur nemenda skólans einkatíma í hljóðfæraleik og söng.
Í skólanum er starfrækt svokölluð lengd viðvera fyrir nemendur í yngstu bekkjum eftir hádegi tvo daga í viku. Krakkarnir völdu sjálf nafn á lengdu viðveruna og kalla hana að sjálfsögðu "Orkuverið".

Skólastjóri er Helga Magnea Steinsson
Aðstoðarskólastjóri Hrefna Egilsdóttir

Hallormsstaðaskóli, Hallormsstað
sími: 470-0630
Fax 471-2197
Netfang: Þetta tölvupóstfang er varið gegn ruslpósts þjörkum, Þú verður að hafa JavaScript virkt til að sjá það.
Veffang: fljotsdalsherad.is/hallormsstadaskoli